SATB1

Homeocaixa SATB 1
	Representació a PDB basada en 1yse.
Estructures disponibles
PDB	Cerca a Ortholog: PDBe, RCSB
Llista de codis d'identif. PDB
	1YSE, 2L1P, 2O49, 2O4A, 3NZL, 3TUO
Identificadors
Símbol	SATB1
Identif. externs	OMIM: 602075 MGI: 105084 HomoloGene: 2232 GeneCards: SATB1 Gene
Ontologia genètica
Funció molecular	• chromatin binding; • double-stranded DNA binding; • sequence-specific DNA binding transcription factor activity; • protein binding; • sequence-specific DNA binding;
Component cel·lular	• nucleus; • nucleoplasm; • nuclear heterochromatin; • nuclear matrix; • PML body;
Procés biològic	• negative regulation of transcription from RNA polymerase II promoter; • chromatin organization; • chromatin remodeling; • transcription, DNA-dependent; • apoptotic process; • cellular component disassembly involved in execution phase of apoptosis; • epidermis development; • histone methylation; • virus-host interaction; • CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation; • CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation; • activated T cell proliferation; • reflex;
	Fonts: Amigo / QuickGO
Patró d'expressió d'ARN
	More reference expression data
Ortòlegs
	;

edit

SATB1 (de l'anglès Special AT-rich sequence-binding protein-1, proteïna d'unió a seqüències especials riques en AT 1) és una proteïna que en humans està codificada pel gen SATB1.^[1]

Funció modifica

SATB1 actua d'organitzador de la cromatina i com a factor de transcripció, integrant l'arquitectura d'alt ordre de la cromatina i la regulació gènica.^[2] Estudis recents han aclarit el paper de SATB1 en l'organització del loopscape de cromatina i la seva naturalesa dinàmica en resposta a estímuls fisiològics.^[3] A nivell genòmic, sembla que SATB1 jugaria un paper en l'organització de la cromatina que es troba a punt per a la transcripció. SATB1 organitza el locus del Complex Major d'Histocompatibilitat-1 (MHC-1) en diversos bucles de cromatina lligant MARs a la matriu nuclear a distàncies determinades. El silenciament de SATB1 imita els efectes de l'IFN-γ sobre l'arquitectura dels bucles de cromatina del locus de MHC-1 i l'expressió alterada de gens dins el locus. També s'ha mostrat que SATB1 pot induir el creixement de tumors i metàstasis en càncers de mama mitjançant una alteració en l'expressió de molts gens.

Interaccions modifica

SATB1 presenta interaccions amb HDAC1,^[4] SMARCA5,^[4] MTA2,^[4] CHD4,^[4] CUTL1,^[5] POLR2J^[6] i BAZ1A.^[4]

Referències modifica

↑ «Entrez Gene: SATB1 SATB homeobox 1».
↑ Pavan Kumar P, Purbey PK, Sinha CK, Notani D, Limaye A, Jayani RS, Galande S «Phosphorylation of SATB1, a global gene regulator, acts as a molecular switch regulating its transcriptional activity in vivo». Mol. Cell, 22, 2, Abril 2006, pàg. 231–43. DOI: 10.1016/j.molcel.2006.03.010. PMID: 16630892.
↑ Galande S, Purbey PK, Notani D, Kumar PP «The third dimension of gene regulation: organization of dynamic chromatin loopscape by SATB1». Curr. Opin. Genet. Dev., 17, 5, Octubre 2007, pàg. 408–14. DOI: 10.1016/j.gde.2007.08.003. PMID: 17913490.
↑ ^4,0 ^4,1 ^4,2 ^4,3 ^4,4 Yasui, Dag; Miyano Masaru, Cai Shutao, Varga-Weisz Patrick, Kohwi-Shigematsu Terumi «SATB1 targets chromatin remodelling to regulate genes over long distances». Nature [Anglaterra], 419, 6907, Octubre 2002, pàg. 641–5. DOI: 10.1038/nature01084. ISSN: 0028-0836. PMID: 12374985.
↑ Liu, J; Barnett A, Neufeld E J, Dudley J P «Homeoproteins CDP and SATB1 Interact: Potential for Tissue-Specific Regulation». Mol. Cell. Biol. [Estats Units], 19, 7, Juliol 1999, pàg. 4918–26. ISSN: 0270-7306. PMC: 84297. PMID: 10373541.
↑ Durrin, Linda K; Krontiris Theodore G «The thymocyte-specific MAR binding protein, SATB1, interacts in vitro with a novel variant of DNA-directed RNA polymerase II, subunit 11». Genomics [Estats Units], 79, 6, Juny 2002, pàg. 809–17. DOI: 10.1006/geno.2002.6772. ISSN: 0888-7543. PMID: 12036295.

Bibliografia modifica

Dickinson LA, Joh T, Kohwi Y, Kohwi-Shigematsu T «A tissue-specific MAR/SAR DNA-binding protein with unusual binding site recognition». Cell, 70, 4, 1992, pàg. 631–45. DOI: 10.1016/0092-8674(92)90432-C. PMID: 1505028.
Robertson NG, Khetarpal U, Gutiérrez-Espeleta GA, et al. «Isolation of novel and known genes from a human fetal cochlear cDNA library using subtractive hybridization and differential screening». Genomics, 23, 1, 1995, pàg. 42–50. DOI: 10.1006/geno.1994.1457. PMID: 7829101.
Nakagomi K, Kohwi Y, Dickinson LA, Kohwi-Shigematsu T «A novel DNA-binding motif in the nuclear matrix attachment DNA-binding protein SATB1». Mol. Cell. Biol., 14, 3, 1994, pàg. 1852–60. PMC: 358543. PMID: 8114718.
Xu L, Deng HX, Xia JH, et al. «Assignment of SATB1 to human chromosome band 3p23 by in situ hybridization». Cytogenet. Cell Genet., 77, 3–4, 1997, pàg. 205–6. DOI: 10.1159/000134577. PMID: 9284917.
Reddy PH, Stockburger E, Gillevet P, Tagle DA «Mapping and characterization of novel (CAG)n repeat cDNAs from adult human brain derived by the oligo capture method». Genomics, 46, 2, 1998, pàg. 174–82. DOI: 10.1006/geno.1997.5044. PMID: 9417904.
Escalier D, Allenet B, Badrichani A, Garchon HJ «High level expression of the Xlr nuclear protein in immature thymocytes and colocalization with the matrix-associated region-binding SATB1 protein». J. Immunol., 162, 1, 1999, pàg. 292–8. PMID: 9886398.
Liu J, Barnett A, Neufeld EJ, Dudley JP «Homeoproteins CDP and SATB1 Interact: Potential for Tissue-Specific Regulation». Mol. Cell. Biol., 19, 7, 1999, pàg. 4918–26. PMC: 84297. PMID: 10373541.
Galande S, Dickinson LA, Mian IS, et al. «SATB1 Cleavage by Caspase 6 Disrupts PDZ Domain-Mediated Dimerization, Causing Detachment from Chromatin Early in T-Cell Apoptosis». Mol. Cell. Biol., 21, 16, 2001, pàg. 5591–604. DOI: 10.1128/MCB.21.16.5591-5604.2001. PMC: 87280. PMID: 11463840.
Kieffer LJ, Greally JM, Landres I, et al. «Identification of a candidate regulatory region in the human CD8 gene complex by colocalization of DNase I hypersensitive sites and matrix attachment regions which bind SATB1 and GATA-3». J. Immunol., 168, 8, 2002, pàg. 3915–22. PMID: 11937547.
Durrin LK, Krontiris TG «The thymocyte-specific MAR binding protein, SATB1, interacts in vitro with a novel variant of DNA-directed RNA polymerase II, subunit 11». Genomics, 79, 6, 2002, pàg. 809–17. DOI: 10.1006/geno.2002.6772. PMID: 12036295.
Yasui D, Miyano M, Cai S, et al. «SATB1 targets chromatin remodelling to regulate genes over long distances». Nature, 419, 6907, 2002, pàg. 641–5. DOI: 10.1038/nature01084. PMID: 12374985.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. «Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences». Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 99, 26, 2003, pàg. 16899–903. DOI: 10.1073/pnas.242603899. PMC: 139241. PMID: 12477932.
Cai S, Han HJ, Kohwi-Shigematsu T «Tissue-specific nuclear architecture and gene expression regulated by SATB1». Nat. Genet., 34, 1, 2003, pàg. 42–51. DOI: 10.1038/ng1146. PMID: 12692553.
Fujii Y, Kumatori A, Nakamura M «SATB1 makes a complex with p300 and represses gp91(phox) promoter activity». Microbiol. Immunol., 47, 10, 2004, pàg. 803–11. PMID: 14605447.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. «The Status, Quality, and Expansion of the NIH Full-Length cDNA Project: The Mammalian Gene Collection (MGC)». Genome Res., 14, 10B, 2004, pàg. 2121–7. DOI: 10.1101/gr.2596504. PMC: 528928. PMID: 15489334.
Gocke CB, Yu H, Kang J «Systematic identification and analysis of mammalian small ubiquitin-like modifier substrates». J. Biol. Chem., 280, 6, 2005, pàg. 5004–12. DOI: 10.1074/jbc.M411718200. PMID: 15561718.
Wen J, Huang S, Rogers H, et al. «SATB1 family protein expressed during early erythroid differentiation modifies globin gene expression». Blood, 105, 8, 2005, pàg. 3330–9. DOI: 10.1182/blood-2004-08-2988. PMID: 15618465.
Seo J, Lozano MM, Dudley JP «Nuclear matrix binding regulates SATB1-mediated transcriptional repression». J. Biol. Chem., 280, 26, 2005, pàg. 24600–9. DOI: 10.1074/jbc.M414076200. PMID: 15851481.
Nakayama Y, Mian IS, Kohwi-Shigematsu T, Ogawa T «A nuclear targeting determinant for SATB1, a genome organizer in the T cell lineage». Cell Cycle, 4, 8, 2006, pàg. 1099–106. PMID: 15970696.
Rual JF, Venkatesan K, Hao T, et al. «Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network». Nature, 437, 7062, 2005, pàg. 1173–8. DOI: 10.1038/nature04209. PMID: 16189514.

[entrez-1] «Entrez Gene: SATB1 SATB homeobox 1».

[pmid16630892-2] Pavan Kumar P, Purbey PK, Sinha CK, Notani D, Limaye A, Jayani RS, Galande S «Phosphorylation of SATB1, a global gene regulator, acts as a molecular switch regulating its transcriptional activity in vivo». Mol. Cell, 22, 2, Abril 2006, pàg. 231–43. DOI: 10.1016/j.molcel.2006.03.010. PMID: 16630892.

[pmid17913490-3] Galande S, Purbey PK, Notani D, Kumar PP «The third dimension of gene regulation: organization of dynamic chromatin loopscape by SATB1». Curr. Opin. Genet. Dev., 17, 5, Octubre 2007, pàg. 408–14. DOI: 10.1016/j.gde.2007.08.003. PMID: 17913490.

[pmid12374985-4] 4,0 ^4,1 ^4,2 ^4,3 ^4,4 Yasui, Dag; Miyano Masaru, Cai Shutao, Varga-Weisz Patrick, Kohwi-Shigematsu Terumi «SATB1 targets chromatin remodelling to regulate genes over long distances». Nature [Anglaterra], 419, 6907, Octubre 2002, pàg. 641–5. DOI: 10.1038/nature01084. ISSN: 0028-0836. PMID: 12374985.

[pmid10373541-5] Liu, J; Barnett A, Neufeld E J, Dudley J P «Homeoproteins CDP and SATB1 Interact: Potential for Tissue-Specific Regulation». Mol. Cell. Biol. [Estats Units], 19, 7, Juliol 1999, pàg. 4918–26. ISSN: 0270-7306. PMC: 84297. PMID: 10373541.

[pmid12036295-6] Durrin, Linda K; Krontiris Theodore G «The thymocyte-specific MAR binding protein, SATB1, interacts in vitro with a novel variant of DNA-directed RNA polymerase II, subunit 11». Genomics [Estats Units], 79, 6, Juny 2002, pàg. 809–17. DOI: 10.1006/geno.2002.6772. ISSN: 0888-7543. PMID: 12036295.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]