El SECED es va preocupar fonamentalment de combatre els brots terroristes que havien sorgit.
Entre les operacions més importants que va dur a terme el SECED estan la l'[[Operació Promesa]], que va suposar el contacte amb diversos grups polítics que posteriorment participarien en la transició. Altres operacions importants van ser la l'[[Operació Lucero]] i la l'[[Operació Alborada]], que van ajudar a preparar el camí a la transició.
Probablement l'operació més important del SECED va ser la l'[[Operació Lobo]] amb la qual mitjançant un agent infiltrat ([[Mikel Lejarza]]) van aconseguir acabar amb més de la quarta part d'[[ETA]] així com la majoria de la cúpula terrorista.
No obstant això van ser responsables del [[terrorisme tardofranquista]] de la [[extrema dreta]], destacant, entre unes altres, la l'[[Operació Reconquista]] que van portar als [[fets de Montejurra]], com va confessar el destacat militar i alt responsable policial durant la transició espanyola, [[José Antonio Sáenz de Santamaría]].<ref>{{cita llibre | autor=[[Diego Carcedo]] | títol=Sáenz de Santamaría. El general que cambió de bando | edició=1ª | any=2004 | mes=febrero | editorial=Temas de Hoy | lloc=Madrid |isbn=84-8460-309-1 | pàgines=148-155 }}</ref>
