2) [[Txagatai Khan|Txagatai]], un altra fill de [[Genguis Khan]] va governar el anomenat [[khanat de Txagatai]] i després del 1309 va ampliar el seu territori amb els dominis de la branca d'[[Ogedei]]. El khanat es va dividir en occidental (Txagatai) i oriental ([[Mogulistan]]). El primer va passar als timúrides el [[1370]] si be khans titelles van existir al menysalmenys fins elal [[1402]] i de fet fins la meitat del segle XV i els darrers khans (que eren de la branca d'Ogedei i no de Txagatai) van governar com a poder local fins el [[1508]]/[[1509]]. Reunificats els dos khanats efímerament per Tughluk Timur, el [[1363]] es van tornar a fraccionar. El Mogulistan va subsistir enfrontat als timúrides que finalment foren aniquilats pels shaybànides; Yunus (1469-1486) va ocupar [[Tashkent]] el [[1484]] i tot seguit [[Sayram]]. Els seus descendents es van mantenir en lluita amb la Xina van compartir el poder amb el clan dels [[Dughlat]] que governava a [[Kashghar]], conquerint junts [[Ha-mi]] i [[Turfan]] als xinesos. Al final del segle XVI una branca dels txagataïdes es va instal·lar definitivament a Turfan, branca que el [[1647]] i el [[1657]] va enviar ambaixades a la cort imperial xinesa. Les particions entre els txagataïdes els van debilitar i dos clans [[Khodjas]] van agafar el poder efectiu mitjançant poders locals teocràtics; el khan Ismail de [[Kashghar]] es va aixecar contra els khodjas el [[1678]] però no va acabar amb aquestos sinó amb els txagatais.
