El 11 d'Octubreoctubre de 1899, va esclatar la [[Segona Guerra Anglo-Bóer]].<ref>{{Ref-llibre |cognom=Raugh |nom=Harold E. |títol=The Victorians at War: 1815 - 1914 |url=http://books.google.es/books?id=HvE_Pa_ZlfsC&pg=PA51&dq=transvaal+war+1899&hl=ca&sa=X&ei=ahOQUZjKDOa47AaF24DoDw&ved=0CEIQ6AEwBA#v=onepage&q=transvaal%20war%201899&f=false |llengua=anglès |editorial=ABC-CLIO |data=2004 |pàgines=51 |isbn=1576079252}}</ref> El 7 de maig de l'any següent, Kruger assistí a l'última sessió del Volksraad, deixant [[Pretòria]] el 29 de maig quan [[Lord Roberts]] avançava sobre la ciutat. Durant setmanes va romandre o en una casa a [[Waterval Onder]] o en el seu vagó de ferrocarril a [[Machadodorp]] al [[Transvaal]] oriental, actualment [[Mpumalanga]]. A l'octubre, va abandonar Sud-àfrica en un vaixell de guerra holandès ''De Gelderland'', enviat per la Reina [[Gullermina dels Països Baixos]], que simplement va ignorar el bloqueig naval britànic a Sud-àfrica. La seva esposa estava massa malalta per a viatjar i va romandre a Sud-àfrica i va morir el 20 de juliol de 1901. Kruger va anar a [[Marsella]] i va romandre per un temps als Països Baixos, abans de mudar-se a [[Clarens]], [[Suïssa]], on va morir el 14 de juliol de 1904. Fou enterrat al cementiri Church Street de Pretòria el 16 de Desembre de 1904.
