Simulació molecular: diferència entre les revisions

Contingut suprimit Contingut afegit
nucli atòmic|
Línia 3:
Els càlculs més senzills poden realitzar-se a mà, però inevitablement els ordinadors són necessaris per portar a terme el modelat molecular de qualsevols sistema d'una mida raonable. El tret comú de les tècniques de modelat molecular és la descripció a nivell atòmic dels sistemes moleculars; el mínim nivell d'informació és a escala d'[[àtom]]s individuals (o de petits grups d'àtoms) més baix. Aquest fet contrasta amb la [[química quàntica]] (també coneguda com càlcul de l'estructura electrònica), en la qual els [[electró|electrons]] són explícitament considerats. L'avantatge del modelat molecular és el fet que redueix la complexitat del sistema, fent així possible realitzar simulacions de sistemes d'un nombre molt més elevat de partícules (àtoms).
 
La [[Mecànica Molecular]] és sinònim de modelat molecular, ja que fa referència a l'ús de la [[mecànica clàssica]]/[[mecànica Newtoniana]] per tal de descriure els principis físics dels models. Els models moleculars descriuen normalment àtoms ([[nucli atòmic|nucli]] i electrons conjuntament) com a [[càrrega|càrregues]] puntuals amb una [[massa]] associada. Les interaccions entre àtoms veïns són descrites mitjançant interaccions de tipus molla (les quals representen els [[enllaç|enllaços]] químics) i les [[força de van der Waals|forces de van der Waals]]. El [[potencial de Lennard-Jones]] s'empra freqüentment per a descriure les [[força de van der Waals|forces de van der Waals]]. Les interaccions electrostàtiques es calculen segons les lleis de [[Coulomb]]. S'assignen coordenades als àtoms ja sigui en l'[[espai cartesià]] o en coordenades internes, i simulacions dinàmiques poden també assignar-les-hi les velocitats. Les velocitats atòmiques estan relacionades amb la temperatura del sistema, una mesura macroscòpica. L'expressió matemàtica col·lectiva és coneguda com a [[funció potencial]] i està relacionada amb l'[[energia interna]] del sistema (U), una mesura termodinàmica equivalent a la suma de les energies [[cinètica]] i [[potencial]]. Methods which minimize the potential energy are known as energy minimization techniques (e.g., [[steepest descent]] and [[conjugate gradient]]), while methods that mànica odel the behaviour of the system with propagation of time are known as [[molecular dynamics]].
 
''E = E<sub>enllaç<sub> + E<sub>angle<sub> + E<sub>dihedre<sub> + E<sub>no-enllaç<sub>''