Ocupada pels musulmans, hi van construir una mesquita el [[640]] que es va renovar sota el mameluc [[Bàybars I]] (mesquita de l'emir Al-Geish). El [[1163]] el visir fatimita [[Shawar]] es va fer amb el poder; al cap de nou mesos fou enderrocat pel seu lloctinent [[Dirgham]]; [[Amalric I de Jerusalem]] va atacar Bilbeis i la va assetjar, però l'estiu els egipcis van obrir els dics del Nil i va perdre part de l'exèrcit havent de retirar-se humiliat.
Amb el consentiment de [[Nur al-Din]], [[Shirkuh]], l'oncle de Saladí, va dirigir una expedició a Egipte i el [[24 d'abril]] de [[1164]] va ocupar Bilbeis, arribant aal [[El Caire|Caire]] l'[[1 de maig]], on va enderrocar a Dirgham i va restaurar a Shawar que fou confirmat pel califa, però una vegada en el poder va rebutjar obeir a Nur al-Din i va intentar forçar el retorn de Shirkuh cap a Síria. Com que no ho va aconseguir, va demanar l'ajut d'Amauri de Jerusalem. Shirkuh es va fer fort a Bilbeis. Com a maniobra de distracció va organitzar un atac d'emirs a l'altre flanc, a [[Harim]], prop d'[[Antioquia de l'Orontes|Antioquia]] on l'[[11 d'agost]] deu mil francs van morir a una batalla. Un compromís entre Amauri i Shirkuh concertat a Bilbeis va establir que els dos exèrcits es retirarien; però el pacte de Shawar amb Amauri va incitar a Nur al-Din a autoritzar una nova expedició de Shirkuh que va arribar a Egipte el gener del [[1167]]; la batalla contra Shawar es va lliurar prop de les piràmides, a Al-Babein, el [[18 de març]] i la victòria fou per Shirkuh; Amauri, que combatia al costat de Shawar, va poder arribar a El Caire i reunir-se amb els gros de les seves forces mentre Shirkuh va entrar a [[Alexandria]]. Poc després un acord va establir que Amauri i Shirkuh es retirarien d'Egipte. Shawar havia de pagar cent mil dinars cada any a Amauri, però aquest tribut, exagerat, va provocar la revolta del camperols el [[1168]]. Amauri va assetjar Bilbeis, i va entrar a la ciutat el dia de tots sants ([[1 de novembre]]) i va fer una matança indiscriminada dels seus habitants musulmans; això els va fer perdre el suport dels coptes, que fins llavors els havien donat suport. Al mateix temps Shawar va fer cremar els barris vells de El Caire; l'incendi va durar 58 dies; fou llavors el mateix califa qui va demanar ajut a Nur al-Din contra el seu visir. El gener de [[1169]] Shirkuh i el seu nebot Saladí van entrar a El Caire i Saladí va executar a Shawar.
El [[1798]] la ciutat fou fortificada per ordre de [[Napoleó]].
