El nom prové del gènere ''Graptolithus'', que fou descobritutilitzat per [[Carl von Linné]] el 1735 per [[mineralització (biologia)|mineralitzacions]] i crustacions inorgàniques que s'assemblaven a fòssils vertaders. El 1768, al dotzè volum del ''[[Systema Naturae]]'', hi inclogué ''G. sagittarius'' i ''G. scalaris'', respectivament un possible fòssil [[vegetal]] i un possible graptòlit. En la seva obra ''Skånska Resa'' del 1751, hi inclogué una figura d'un "fòssil o graptòlit d'un tipus estrany", i actualment es pensa que era un tipus de ''Cliamacograptus'' (un [[gènere (biologia)|gènere]] de graptòlis biserials). Investigadors posteriors utilitzaren el nom per a referir-se a un grup específic d'organismes. ''Graptolithus'' fou oficialment abandonat per l'[[ICZN]] el 1954, en part a causa del seu ús inicial com a agrupació d'imitacions inorgàniques de fòssils (Bulman, 1970: V 6).
Des de la dècada del 1970, com a resultat dels avenços en la [[microscopi electrònic|microscòpia electrònica]], s'ha considerat generalment que els graptòlits són més propers als [[pterobranqui]]s, un grup rar d'animals marins moderns del [[fílum]] dels [[hemicordat]]s. Se'n fan comparacions amb els hemicordats moderns ''[[Cephalodiscus]]'' i ''[[Rhabdopleura]]''.
