Cap a l'octubre de 1934 fou adquirit pel govern de la [[Segona República Espanyola]] juntament amb el ''Manuel Arnús'' i l{{'}}''Argentina'', i rebatejat amb el nom d{{'}}''Uruguay''. Fou emprat com a presó per primer cop durant el [[bienni negre]] per tal de fer de presó, inicialment, del [[president de la Generalitat de Catalunya|president]] [[Lluís Companys]] i els consellers de la [[Generalitat de Catalunya]] fets presoners arran dels [[fets del sis d'octubre]] de [[1934]]. Arribà a haver-hi confinats 2.500 persones, majoritàriament polítics, funcionaris i professionals liberals. Companys i els seus consellers hi van romandre fins que el [[7 de gener]] de [[1935]] foren traslladats a la [[presó Model de Madrid]] per a complir condemna de 30 anys de presó.
Però quan prendria més notorietat en aquest paper fou durant la [[guerra civil espanyola]]. Després del fracàs del [[cop d'estat del 18 de juliol]] de [[1936]] a [[Barcelona]] hi foren confinats els generals [[Manuel Goded Llopis]] i [[Álvaro Fernández Burriel]] abans del seu judici i posterior condemna a mort.
L{{'}}''Uruguay'' passà a dependre del [[Servei d'Informació Militar]] (SIM), organisme d'intel·ligència creat per la República que va disposar de gran autonomia i fou majorment controla per "comunistes espanyols fidels a les directives de l'[[URSS]] e[[stalin]]ista". Això va provocar que a les cel·les del vaixell-presó coincidissin falangistes i franquistes amb dissidents ideològics, enemics potencials o reals de Stalin.<ref>{{ref-llibre |cognom=Solé i Sabaté |nom=Josep Maria |coautors=Giovanni C. Cattini; Juli Cuéllar; Francesc Poblet; José Manuel Rúa; Queralt Solé; David Tormo |títol=La Guerra Civil a Catalunya. (1936-1939) 2. Una revolució en plena guerra |editorial=[[Edicions 62]] |lloc=Barcelona |data=2004 |pàgines=22 |isbn=84-297-5415-6}}</ref> Les condicions de vida dels presos eren lamentables, amuntegats a les cabines, amb brutícia i rates, menjar escàs i tractament brutal. Sovint alguns dels tancats eren trets per a ser executats sense judici als fossats de Santa Helena del [[Castell de Montjuïc]]. El director del vaixell-presó era un individu sinistre anomenat Monroy, tinent d'assalt. Entre els presos que passaren pel vaixell hi hagué [[Rafael Ulled i Altemir]] o el falangista [[Rafael Sánchez Mazas]].
