Quan la Universitat laica del Cairo va ser fundada el 1908, ell estava entusiasmat perquè l’admetessin i a tot i ser sec i pobre va guanyar una plaça. AlEl 1914, ell es va convertir en el primer graduat a rebre el doctorat amb la seva tesi del poeta escèptic i filòsof Abu- Alala’ Al- Ma’ari i després es va convertir en professor de literatura àrab allà. El 1919, va ser nomenat professor d'història a la Universitat del Caire. A més, ell va ser el Rector fundador de la Universitat d’Alexandria. Encara que va escriure moltes novel·les i assajos, ell és conegut per la seva autobiografia ''(Els dies)''. Però va ser el seu llibre de crítica literària en poesia preislàmica del 1926, el que el va portar a tenir certa notorietat en el món àrab. En aquest llibre, ell expresa el dubte sobre l'autenticitat de molta poesia àrab primerenca, al·legant que va ser falsificada durant l’antiguitat degut a l’orgull tribal i la rivalitat entre tribus. Ell insinuava indirectament que l'Alorà no ha de ser pres com una font objectiva de la historia, per tant, el llibre va despertar una intensa ira i hostilitat per part dels estudiosos de la religió del Al-Azhar i molts altres tradicionalistes, i va ser acusat d’haver insultat a l’islam. Però el fiscal va declarar que el que Taha Hussein havia dit era una opinió d’un investigador acadèmic i no es va prendre cap acció legal contra ell, encara que va perdre el seu lloc de treball a la Universitat del Cairo el 1931. El seu llibre va ser prohibit però va ser re publicat l’any següent amb unes lleus modificacions sota el títol de a la literatura preislàmica. Taha Hussein va ser un intel·lectual de la Renaixença egípcia i defensor de la ideologia del nacionalisme egipci al llarg de lo que ell anomena Faraonisme, ell creia que la civilització egípcia era totalment oposada a la civilització àrab, i que Egipte només podrà progresar recuperant les seves arrels pre-islàmiques. Després que Hussein obtingués el seu MA de la Universitat de Montpellier, va continuar els seus estudis i va rebre un altre Ph. D. De la Sorbonne. Després d’aconseguir- lo, va ser el primer egipci a rebre el MA i el doctorat (Ph. D) de França. A la seva tesi doctoral, escrita el 1917, Hussein va escriure sobre Ibn Khaldun, un historiador tunisià, considerat er alguns el fundador de la sociologia. Dos anys després, al 1919, Hussein va tornar a Egipte des d França amb la seva dona, Suzanne, i va ser anomenat professor d’història a la Universitat del Cairo. El 1950, Hussein va ser anomenat ministre d’educació, i va poder posar en pràctica el seu lema “L’educació és com l’aire que respirem i l’aigua que bevem”. Sense Taha Hussein i la seva passió per promoure l’educació, milions d’egipcis mai haurien pogut estar alfabetitzats.
