El [[neolític]] va començar vers el 8000 aC; les comunitats van començar a viure en assentaments permanents i a produir el seu propi menjar; els assentaments s'han localitzat quasi tots en zones avui dia en ple desert (el desert de [[Bayuda]] al nord de [[Khartum]], el desert Saharià ala l'oest de Dongola, i el [[desert de Núbia]] al Est de Kerma) el que indica o bé un canvi climàtic o bé que el Nil ha canviat el seu trajecte almenys en algunes zones. S'han trobat les restes d'un antic riu ([[Wadi Howar]]) que des el [[Txad]] arribava al Nil per la zona de Dongola; el territori al nord de la gran corba del riu Nil era tallat per una branca del Nil Blanc que corria cap al nord al que avui és el [[Wadi Muqaddam]] on s'aprecien traces d'haver estat ben regada i s'han trobat restes de peixos; a l'est de Kerma, a la regió coneguda com a [[Wadi al-Khowi]] totalment desèrtica, també s'han trobat restes de rius. s'ha comprovat que el riu Nil corria uns 10 km més a l'est que actualment, i a la regió de [[Kadruda]] s'ha pogut determinar que va agafar el seu llit actual vers el 5000-2000 aC, observant-se que els assentaments són més vells a 10 km a l'est del riu i que ho són menys progressivament cap a l'oest. En aquesta regió del Wadi al-Khowi s'han localitzat uns trenta cementiris alguns amb un miler de tombes, algunes de les quals reflecteixen una diferència social, per la col·locació i la presència de ceràmica, armes, vori i altres objectes, diferència que s'hauria iniciat vers el 5000 aC i hauria continuat. A [[Kadero]], uns 15 km al nord de Khartum, s'han trobat restes de cases, d'animals domèstics i ceràmica; s'han excavat unes 160 tombes, n'hi ha centenars, i també s'aprecia l'estratificació amb la presència d'objectes entre els quals conquilles de la [[Mar Roja]], a 300 km a l'est. A la vora de [[Shendi]], més al nord, s'ha trobat un establiment del període vers el 4000 aC anomenat [[Kadada]], on el cementiri tenia milers d'individus, i centenars de tombes han estat excavades, observant-se que els nens eren enterrats sota les cases i no al mateix lloc que els adults
