Kline es va casar amb l'actriu [[Phoebe Cates]] alel 1989. La parella viu a Nova York i té dos fills: [[Owen Kline|Owen Joseph Kline]]<ref name="NYTObit">{{cite web |url= http://query.nytimes.com/gst/fullpage.html?res=9403E2DB163AF936A25753C1A96E958260|title= Paid Notice: Deaths - CATES, JOSEPH|accessdate = 2008-02-10|date= 1998-10-15|publisher= [[The New York Times]]}}</ref> (nascut al 1991), que va actuar a ''[[Una història de Brooklyn]]'', i [[Greta Kline|Greta Simone Kline]]<ref name="NYTObit">blank</ref> (nascuda al 1994). Després que al seu fill se li diagnostiqués una [[diabetis juvenil]], Kline esdevingué membre actiu de la Fundació de Recerca de la Diabetis Juvenil (''Juvenile Diabetes Research Foundation''). Al novembre del 2004 se li va concedir el Premi Humanitari de l'Any JDRF, concedit per [[Meryl Streep]], atorgat pels seus esforços voluntaris en benefici de l'organització.
Des del 2006 existeix el [[Premi Kevin Kline]] pels professionals del teatre de St. Louis, concedit en les categories de millors actor i actriu, escenografia, coreografia i obra original.
