Quan [[Martí Luter]] va iniciar alel [[1517]] el que més tard es coneixeria com [[Reforma Protestant]], molts ducs locals van veure l'oportunitat d'oposar-se a l'emperador. L'imperi es va veure fatalment dividit per les disputes religioses, amb el nord i l'est, així com moltes de les seves majors ciutats, com Estrasburg, Fràncfort i Nuremberg, en el costat [[protestant]], mentre les regions meridionals i occidentals es mantenien majoritàriament en el [[catolicisme]]. Després d'un segle de disputes el conflicte —junt a altres disputes—; va derivar en la [[Guerra dels trenta anys]] (1618–1648), que devastaria l'imperi. Les potències estrangeres, incloses França i Suècia, van intervenir en el conflicte, reforçant el poder dels contendents de l'imperi, i apoderant-se de considerables zones de territori imperial.