Després que [[Cacophony]] s'acabà en [[1989]], Marty Friedman audicionà per a la banda [[thrash metal]] [[Megadeth]] acceptant el consell d'altre guitarrista [[Jeff Loomis]], i s'uní a la banda en febrer de [[1990]].<ref name="Siti Oficial de Megadeth">Megadeth.com, ''Línia de temps (1990 & 1999)'' en [http://www.megadeth.com/index.php?section=history Megadeth.com] Último accèsaccés [[7 de enero]].</ref> El primer álbum que gravaria amb ells seria ''[[Rust in Peace]]'', ara considerat un dels àlbums clàssics del [[thrash metal]], ''[[Rust in Peace]]'' fou platí en els [[Estats Units]]. En un futur treballaria el seu mètode de tocar solos en escales exòtiques com quan estava en [[Cacophony]] i ho integraria a la música de [[Megadeth]]. En febrer de [[1992]], [[Megadeth]] llançaria ''[[Countdown to Extinction]]'', el qual fou un àlbum molt més comercial, i que apuntava cap a una audiència més ampla, el qual seria doble platí. Friedman participaria en els següents llançaments de [[Megadeth]] ''[[Youthanasia]]'' ([[1994]]), ''[[Cryptic Writings]]'' ([[1997]]), ''[[Risk (àlbum)|Risk]]'' ([[1999]]). Després d'un total de cinc àlbums d'estudi, Friedman deixaria la banda en desembre de [[1999]].<ref name="Sitio Oicial de Megadeth">Megadeth.com, ''Línia de temp(1990 & 1999)''en [http://www.megadeth.com/index.php?section=history Megadeth.com] Últim accés [[7 de gener]].</ref> Després diria que se cansà de tocar metal o que sentoa que no se podoa desenrotllar como músic. Durant el temps que Friedman estigué en la banda, es van vendre més de deu milions d'àlbums en el món sencer,<ref name="Situ oficial de Marty Friedman">Siti oficial de Marty Friedman, ''Biografia oficial'' en [http://www.martyfriedman.com/info_detail.php?id=7 Martyfriedman.com]; Últim accés [[7 de gener]] de [[2007]].</ref> i la formació de [[Megadeth]], de [[1990]] a [[1999]], on aquesta inclòs Friedman, és mundialment reconeguda pels fanàtics com la millor alineació de la banda.
