L'element més destacat de l'església i que justifica la seva declaració com a monument és, però, el retaule major, obrat entre 1706 i 1711 per l'escultor vigatà Pau Costa, i que amb el de Cadaqués (obrat pel mateix Costa) i el del Miracle de Riner, és un dels retaules barrocs conservats més importants de Catalunya. El retaule és col.·locat sobre un bastiment renaixentista, obra (1636) de l'escultor local Antoni Joan Riera, i fou policromat i daurat el 1711-12 per Erasme Vinyals, daurador de Barcelona, i el seu fill Fèlix. El retaule presenta de manera compartimentada i didàctica, deutora encara de l'estructuració narrativa del gòtic i el renaixement, escenes de la vida de la Mare de Déu (la Visitació, l'Adoració dels Mags, la Presentació de la Mare de Déu i la Nativitat), inspirades en gravats del pintor italià Carlo Maratta. Als extrems hi ha quatre fornícules, dues per banda, amb imatges de sants de devoció popular (Sant Josep, Sant Francesc de Paula, Sant Pere i Sant Pau). Al centre, de dalt a baix, les imatges del Pare Etern, de Sant Zenó, patró de la vila, i dins el seu cambril la Mare de Déu que segueix models italians. Els diferents cossos són separats per columnes cilíndriques revestides de gruixudes garlandes enroscades en hèlix, de marcat accent decorativista.<ref name="patmapa"/>
