El 1535, Carles I el va recompensar amb la governació de Nova Toledo, al sud dedel Perú, i el títol d'''[[adelantado]]'' a les terres més enllà del llac [[Titicaca]]. A la seva tornada a Perú, el [[1537]], Almagro va ocupar la ciutat de Cusco, fent presoners [[Hernando Pizarro|Hernando]] i [[Gonzalo Pizarro]], per considerar que pertanyia a la seva governació. Aquest fet va suscitar un sagnant enfrontament entre almagristes i pizarristes que va concloure amb la victòria dels Pizarro a la [[batalla de las Salinas]], l'abril de [[1538]]. Fet presoner, Almagro va ser executat el mes de juliol d'aquell mateix any a la plaça major de Cusco.
