La ciutat de Lima compta amb dues àrees naturals protegides pel Servei Nacional d'Àrees Naturals Protegides per l'Estat, el refugi de vida silvestre Pantans de VilaVilla i la zona reservada Turons d'Ancón. Els Pantans de VilaVilla estan situats alen el districte de Santiago, són uns aiguamolls naturals que permeten la implantació i el trànsit d'aus migratòries i residents.<ref>cita web |url = http://www.sernanp.gob.pe/sernanp/zonaturismoi.jsp?id=75 |títol = Refugio de Vida Silvestre Los Pantanos de Villa |editor = Servei Nacional d'Àrees Naturals Protegides per l'Estat |dataaccés = 30 d'abril de 2013</ref> Els turons d'Ancón estan localitzats alen el districte d'Ancón. Comprenen una extensió de 10.962,14 hectàrees, va ser nomenada zona reservada ja que en el lloc s'han trobat una gran varietat de flora no vista en altres zones.<ref>cita web |url = http://www.sernanp.gob.pe/sernanp/zonaturismoi.jsp?ANEU=79 |títol = Zona Reservada Lomas de Ancón |editor = Servei Nacional d'Àrees Naturals Protegides per l'Estat |dataaccés = 30 d'abril de 2013</ref>
