Els nadius americans [[kumeyaays]], anomenaren aquest lloc kulaaxuuy ([[Alfabet fonètic internacional|IPA]]: [mat kəlaːxuːj]), literalment "terra de forats" (terra = "mat").<ref>Langdon 1970</ref> La característica topogràfica que que donà peu a l'usús de forats al topònim és incert; probablement fa referència a les coves a nivell del mar que hi ha sota els penya-segats encarats al nord, visibles des de [[La Jolla Shores]]. Una alternativa, pseudo-etimològica per l'origen del nom és que és un alternar lletrejant de la paraula espanyola “''joya''”, que significa "la joia". Malgrat ser acadèmicament discutida, aquesta derivació del nom ha estat àmpliament citada popularment.<ref>{{ref-web|url=https://web.archive.org/web/20111103082914/http://www.lajollaplayhouse.org/plan-your-visit/about-la-jolla/history-of-la-jolla|títol=History of La Jolla |editor=La Jolla Playhouse, via Wayback Machine |consulta= }}</ref> Aquest suposat origen dona`peu a l'apel·latiu "Jewel City" (lit. ciutat joia) que rep la ciutat.<ref>{{ref-notícia|cognom=Ray|nom=Nancy|títol=One of La Jolla's Best-Kept Secrets Is Fun Ride|url=http://articles.latimes.com/1985-08-31/local/me-24176_1_trolley-riders|data= 31 agost 1985|consulta= |urlarxiu=http://www.webcitation.org/6QXPANq84|dataarxiu= 22 juny 2014}}</ref>
