El club va ser fundat l'any 1922 amb el nom de '''Kyoto Shiko Club'''. Era un dels pocs clubs de futbol del país dedicat estrictament al futbol i que no formava part d'una companyia. Però tampoc va arribar mai a la màxima categoria nacional en la l'època del futbol amateur. Després de la creació de la [[Lliga japonesa de futbol|Lliga de Futbol Professional del Japó]] en 1992, el club va competir en la Segona divisió de la [[Japan Football League]], que en la pràctica era la tercera categoria del nou organigrama japonès. El primer any va obtindre l'ascens. Despés de rebre el patrocini d'empreses locals com [[Kyocera]] i [[Nintendo]], en 1994 va esdevenir professional i va adoptar el nom '''Kyoto Purple Sanga'''. En 1995 va finalitzar la competició en segona posició, el que li va donar dret a ascendir a la Lliga professional per primer cop en la seva història. Durant els primers anys, es va matenir en la part baixa de la classificació. A partir de l'any 2000 va alternar la seva participació entre la Primera i la Segona divisió. Entre les temporades 2000 i 2007 va viure tres descensos i tres ascensos. No obstant això, la temporada 2002 va ser la més exitosa del club, acabant 5è en la lliga i campió de la [[Copa de l'Emperador]]. Tot i això, la temporada següent va perdre sorprenent la categoria. El 2007 esdevingué, simplement, '''Kyoto Sanga''' i comença la seva darrera etapa en la Primera divisió. En 2010 va perdre novament la categoria (establint un rècord de quatre descensos) i des de llavors l'equip juga a la Segona divisió, lluny dels llocs d'ascens en les darreres temporades.
