Els dirigents civils locals havien especulat llargament amb la idea d'un campus a San Diego de la [[Universitat de Califòrnia]], i aquesta idea prengué cos després de la Segona Guerra Mundial. El ''[[Scripps Institution of Oceanography]]'', sota el seu director [[Roger Revelle]], havia esdevingut un contractista de defensa important, i empreses aeroespacials locals com [[Convair]] pressionaven per a queperquè fos un lloc de formació per als seus científics i enginyers. La legislatura estatal va proposar la idea el 1955, i els Regents de la Universitat l'aprovaren formalment el 1960.<ref name = "Shragge">{{ref-publicació|cognom=Shragge|nom=Abraham J.|data=Fall 2001|títol=Growing Up Together: The University of California's One Hundred-Year Partnership with the San Diego Region|publicació=Journal of San Diego History|volum=47|exemplar=4|url=http://www.sandiegohistory.org/journal/2001-4/ucsd.htm}}</ref> El campus universitari fou anomenat inicialment "University of California, La Jolla", però el nom va ser canviat a "University of California, San Diego" el 1960.<ref name = "timeline">{{ref-web|url=http://ucsd.edu/timeline/|títol=Timeline|obra=University of California, San Diego|consulta= }}</ref> El primer rector fou [[Herbert York]], nomenat el 1961, i el segon rector fou [[John Semple Galbraith]], nomenat el 1964. La universitat fou dissenyada per tenir un sistema universitari; ara hi ha sis facultats. La primera facultat va ser establerta el 1965 i fou anomenada Revelle College en honor de Roger Revelle, qui és considerat com el "pare" de la universitat.<ref name="timeline"/> El 1968 s'hi establí una facultat de medicina 1968. L'ítem [[Brutalisme (arquitectura)|brutalista]] [[Geisel Library]] va obrir el 1970.
