En [[1604]] s'inaugura la primera part de la tercera Catedral. Quan Becerra va morir en [[1605]], solament la meitat de l'església estava construïda.
El plànol final va ser dissenyat immediatament després del terratrèmol de 1606, encara que un altre en [[1606|1609]] va amenaçar ambde destruir l'edificació integra danyant les voltes de la part construïda. Es van dur a terme discussions sobre els millors mitjans de defensa contra els moviments sísmics: l'Arquitecte Cap, Juan Martínez de Arrona, va sostenir la idea de voltes de maó, però diversos membres del Cabildo o Concejo Municipal van considerar que seria millor cobrir el temple amb fusta. Cansats per la necessitat de trobar la solució al problema, ells van nomenar a Bartolomé Lorenzo com a Assessor de Arrona. Finalment, a l'octubre de [[1625]], les naus de la part principal de la tercera catedral van ser consagrades. La porta principal (dissenyada per Arrona) va ser finalitzada en [[1632]], i les torres en [[1649]]. El terratrèmol de [[1687]] va causar molt dany a la catedral, i no obstant totes les precaucions preses en la construcció, el terratrèmol de [[1746]] torna a danyar l'estructura i gairebé la redueix a ruïnes precisant-se d'una nova reconstrucció, governava en aquell temps el Virrey [[José Antonio Manso de Velasco]], qui va disposar s'aixequés en el mateix lloc una nova catedral en [[1758]]. L'edificació existent és una reconstrucció que es va emprendre -seguint els plànols antics- el Jesuïta Juan Rher (nascut a Praga).
Rher va aprofitar al màxim l'ús de la fusta i la ''quincha'' en les voltes de crucería, va refer la portada renaixentista de pedra i va avançar bastant l'obra quedant les torres campanar inacabades durant molt temps.
