Etimològicament, el topònim procedeix del mot romà ''palus'' ("llacuna"), i de fet es va anomenar únicament Palos fins al [[1642]], però a mitjan [[segle XVI]] els primers cronistes d'Índies, [[Gonzalo Fernández de Oviedo]] i [[Francisco López de Gómara]], creient que Palos i Moguer eren només un poble, van crear l'incorrecte ''Palos de Moguer'',<ref>'''l'Enciclopèdia''' reconeix expressament que és un error la denominació ''Palos de Moguer'':
*{{ref-web| url=http://www.enciclopedia.cat/fitxa_v2.jsp?NDCHEC=EC-GEC-0048741.xml|títol= Palos de la Frontera|consulta= 10 de novembre de 2008|editor= l'Enciclopèdia}}</ref> que es va estendre ràpidament i va passar a enciclopèdies i manuals d'estudi. Una cosa semblant va passar amb fra Juan Pérez i fra Antonio de Marchena, amb els quals van crear un sol personatge: fra Juan Antonio Pérez de Marchena.<ref>La denominació errònia de Palos de Moguer crear malestar als habitants de Palos de la Frontera, ja que ha fet que molta gent pensés que Palos de la Frontera havia pertangut en algun moment a Moguer, cosa que no és certa i que no ha passat mai. Una multitud de documents testifiquen el veritable nom de Palos, per exemple la Reial Provisió enviada a certs veïns del municipi perquè posessin naus al servei de Colom, de data 30 d'abril de 1492 i recollida a l''''Arxiu General d'Índies. Signatura: PATRONATO, 295, N.3'''; allí es parla únicament de '''Palos'''. Com a exemple de l'ús posterior del nom de Palos de la Frontera, serveixi el següent document d'un dels descendents directes de Martín Alonso Pinzón, en el qual es diu: {{cita|''... Sepan quantos esta carta vieren como yo, Diego Martín Pinzón Dávila, vezino de la villa de Moguer estante al presente en esta '''villa de Palos de la Frontera'''...''|Arxiu de Protocols de Moguer. Llibre d'Escriptures Públiques de Palos de la Frontera 1650-1654, fls. 362-362 vº}}</ref>
El maig de [[1642]], el consell de Palos va adoptar el nom de '''Palos de la Frontera''' aprofitant que el rebel marquès d'[[Ayamonte]] va fer passar les tropes portugueses del [[Guadiana]] al [[Tinto]]. Així es va posar un "cognom" a Palos que tapava l'afegitó il·legítim que el feia desaparèixer com a poble i l'unia a la més poderosa ciutat veïna.<ref>{{ref-web
