Ceballos va ingressar al planter del [[Sevilla FC]] el 2004 a 8 anys, però en va sortir el 2009 a causa d'una [[bronquitis]] crònica.<ref>[http://sevilla.eldesmarque.com/real-betis/66971-dani-nike-la-perla-que-brilla-en-el-betis-y-dejo-escapar-el-sevilla 'Dani Nike', la perla que brilla en el Betis y dejó escapar el Sevilla ('Dani Nike', the gem who shines in Betis and who Sevilla let slip away)]; El Desmarque, 4 novembre 2014 {{es}}</ref> A continuació va anar al [[CD Utrera]], i va finalitzar la seva formació al [[Real Betis]] on va arribar el 2011;<ref>[http://www.alfinaldelapalmera.com/noticias/real-betis/dani-ceballos-las-lagrimas-de-una-madre-por-un-sueno.html Dani Ceballos, las lágrimas de una madre por un sueño (Dani Ceballos, the tears of a mother for a dream)]; [[ABC (diari)|ABC]], 28 abril 2014 {{es}}</ref> va signar un contracte professional amb el Betis el 22 de febrer de 2014, essent encara júnior.<ref>[http://www.cuentaconlacantera.com/el-betis-ata-una-joya-con-alma-de-entrenador/ El Betis ata a una joya con alma de entrenador (Betis ties up gem with the soul of a coach)]; Cuenta con la Cantera, 22 febrer 2014 {{es}}</ref>
El 26 d'abril de 2014, quan encara no havia jugat amb [[Real Betis B|l'equip B]], Ceballos va jugar el seu primer partit oficial amb el primer equip a [[La Liga]], entrant com a supent en una derrota per 0–1 a casa contra la[[Real Sociedad]].<ref>[http://www.espnfc.com/en/report/372874/report.html?soccernet=true Real Betis 0–1 Real Sociedad]; [[ESPN FC]], 26 abril 2014</ref> El 21 de desembre, va marcar el seu primer gol com a professional, el primer d'una victòria per 2–0 a casa contra el [[Racing de Santander]] a la [[Segona divisió espanyola de futbol|Segona Divisió]];<ref>[http://www.marca.com/2014/12/21/futbol/2adivision/1419167919.html Merino se despide con un pleno y deja al Racing en descenso (Merino says goodbye undefeated and leaves Racing inside the relegation zone)]; [[Marca (diari)|Marca]], 21 desembre 2014 {{es}}</ref> va jugar en 33 partits i va marcar cinc gols pels vert-i-blancs durant [[Segona divisió espanyola de futbol 2014–15|la temporada]], en la qual l'equip va retornar a la primera divisió.
El 15 d'octubre de 2015, després de llargues negociacions, Ceballos va renovar el contracte fins al 2020.<ref>[http://www.mundodeportivo.com/futbol/20151015/202223500819/el-betico-dani-ceballos-renueva-hasta-2020.html El bético Dani Ceballos renueva hasta 2020 (Betis' Dani Ceballos renews until 2020)]; [[Mundo Deportivo (diari)|Mundo Deportivo]], 15 octubre 2015 {{es}}</ref>
El juliol de 2017 va fitxar pel [[Reial Madrid]], per sis temporades, a canvi d'uns 18 milions d'euros.<ref>{{ref-web|url= http://www.marca.com/futbol/real-madrid/2017/07/08/5960aca022601d5a1e8b45bd.html| consulta=8 juliol 2017|títol=Ceballos será jugador del Real Madrid las próximas seis temporadas| editor= [[diari Marca]] |data=8 de juliol de 2017|llengua= castellà}}</ref><ref>{{ref-web|url= http://www.ccma.cat/esport3/el-reial-madrid-fara-oficial-dilluns-el-fitxatge-del-davanter-betic-dani-ceballos/noticia/2798703/| consulta=8 juliol 2017|títol=El Reial Madrid farà oficial dilluns el fitxatge del migcampista bètic Dani Ceballos| editor= [[324.cat]]}}</ref>
