El 5 de maig de 2005 va passar a ser titular del Jutjat Central d'Instrucció número u de l'Audiència Nacional. Amb prou feines després de mes i mig d'exercici en el lloc començava a adquirir una notable repercussió mediàtica per la seva decisió de no processar al terrorista [[Iñaki de Juana Chaos|De Juana Chaos]] per articles d'opinió que va publicar en el diari basc [[Gara]]. La Sala penal va revocar l'acte ordenant el processament, si benbé després De Juana va ser condemnat a una pena mínima en sentència del Tribunal Suprem,que no va ser unànime en existir vots discrepantes entre els quals s'advocava per l'absolució. Al maig de 2008 és triat Degà dels Jutges Centrals de l'Audiència Nacional (Instrucció, Penal, Contenciós-Administratiu, Menors i Vigilància Penitenciària), càrrec en el qual contínua en haver estat reelegit al juny de 2012. A l'octubre de 2012, va acordar l'arxiu d'una causa iniciada en ocasió d'una gran manifestació davant el Congrés dels Diputats("Envolta el Congrés"),convocada per plataformes del moviment de "[[Protestes d'Espanya de 2011–2012|indignats]]", en entendre que no suposava cap delicte. Entre els motius per acordar l'arxiu va al·legar el dret fonamental de llibertat d'expressió, assenyalant que "cal convenir que no cal prohibir l'elogi o la defensa d'idees o doctrines, per més que aquestes s'allunyin o fins i tot posin en qüestió el marc constitucional, ni, menys encara, de prohibir l'expressió d'opinions subjectives sobre esdeveniments històrics o d'actualitat, máxime davant la convinguda decadència de la denominada classe política".Aquesta última frase va donar lloc a una àmplia polèmica en els mitjans de comunicació.
==== El cas Couso i el principi i fi de jurisdicció universal ====
