Va tornar a l'Índia en 1538 amb el seu germà, que en [[1540]] va ser designat pel rei [[Joan III de Portugal]] com [[Llista de virreis i governadors de l'Índia Portuguesa|11è governador de l'Índia portuguesa]] (1540-42). El seu germà va emprendre una campanya contra la flota del ''[[Paixà|bajá]]'' d'Egipte, comandant una gran flota de 75 navilis que va entrar ena ella [[Mar Roja|mar Rojo]], amb la intenció d'atacar a la flota [[Imperi Otomà|otomana]] del port de [[Suez]], deixant [[Goa]] el 31 de desembre de 1540 i arribant a [[Aden]] el 27 de gener de 1541. Cristòfor anava al comandament d'un dels vaixells.
La flota va arribar a [[Massaua|Massawa]] el 12 de febrer, on Esteban de Gamma va deixar un nombre de navilis i va continuar cap al nord. En arribar a Suez, van descobrir que els otomans havien sabut molt temps abans del seu assalt, la qual cosa va frustrar el seu intent de cremar les naus encallades. La flota es va veure obligat a tornar sobre els seus passos a Massawa, encara que fent una escala per atacar el port del Tor, en la [[península del Sinaí]].
