El fons personal de Francesc Pujol, donatiu de la viuda del músic, es conserva al [[Centre de Documentació de l'Orfeó Català|Centre de Documentació de l’Orfeó Català]]. El fons el conformen una important col·lecció de partitures manuscrites, una part important autògrafes de composició pròpia, partitures impreses amb obra del mateix compositor, així com d’altres compositors tant catalans com estrangers. Una altra part del seu fons la forma un extens fons de correspondència amb més de 4000 cartes procedents de personatges del món de la música, l’art, la literatura, la política i la cultura en general com: [[Blanca Selva i Henry|Blanca Selva]], [[Charles Bordes]], [[Gustave Bret]], [[Joaquim Cabot i Rovira|Joaquim Cabot]], [[Joseph Canteloube]], [[Pau Casals i Defilló|Pau Casals]], [[Josep Maria Folch i Torres]], [[Enric Granados i Campiña|Enric Granados]], [[Antoni Pérez i Moya|Pérez-Moya]],<ref>{{ref-web |url=https://www.europeana.eu/portal/ca/record/919170/u__PujolOC_1833.html |títol=Correspondència entre Antoni Pérez Moya i Francesc Pujol |consulta=30 juny 2018 |obra= |editor= |data=1916-1921 |llengua= }}</ref> [[Wanda Landowska]], etc.
En tercer lloc destaca la documentació textual on trobem un important nombre d’articles de compositors com: [[Joaquim Nin i Castellanos]], [[Vicenç Maria de Gibert i Serra]], [[Lluís Millet i Pagès]]; i el pianista i crític musical [[Frederic Lliurat i Carreras]], entre d’altres, la majoria dels quals foren publicats a la ''[[Revista Musical Catalana]]'' tot i que també es conserven alguns articles inèdits. També trobem documentació relacionada amb la Germanor d’Orfeons i amb L[[obra del Cançoner Popular de Catalunya|’Obra del Cançoner Popular de Catalunya]], de la qual en fou el director, així com fotografies i alguns objectes personals del compositor.
També es conserva la biblioteca personal formada per llibres de temàtica musical de finals del segle XIX i principis del XX, alguns d’ells dedicats a Pujol.
