L'equip femení juga a la Lliga[[Segona Autonómica,Divisió màxima categoriafemenina de [[Balearsfutbol d'Espanya|Segona Divisió]] i, tercer nivelnivell del futbol femení espanyol. Disputa els seus partits al [[Camp de Son Malferit]]. La secció actual es va crear l'any [[2018]], formada per un equip de categoria amateur de 18 jugadores.<ref>{{ref-web| url=https://ultimahora.es/deportes/futbol/2018/08/06/1017915/atletico-baleares-presenta-equipo-femenino.html | títol=El Atlético Baleares presenta su equipo femenino | obra=Última Hora| data=6 d'agost de 2018 | pàgina= |llengua=Castellà}}</ref><ref>{{ref-web| url=https://www.diariodemallorca.es/deportes/2018/08/07/baleares-femenino/1337310.html | títol=El Baleares femenino va a por todas | obra=Diario de Mallorca| data=7 d'agost de 2018 | pàgina= |llengua=Castellà}}</ref>
