Per una disputa comercial, el Virrei Nute Gunray i el seu assessor [[Llista de personatges de la guerra de les galàxies#Rune Haako|Rune Haako]] van ordenar un bloqueig al planeta [[Naboo]], que va acabar amb pocs beneficis per a la Federació i que relegitimava la llibertat del verd planeta verd. El bloqueig es va tornar invasió i d'aquesta manera va eixir a relluir el vertader exèrcit de la Federació. Milers de tancs [[AAT]], [[MTT]], droides de batalla i [[STAP]] van fer la seua "aparició en escena" arrestant a tots els civils i militars de Naboo. Després de la insistència de la Reina [[Padmé Amidala]] de tornar al seu planeta, la Federació de Comerç va ser derrotada i Nute Gunray i els seus sequaços arrestatarrestats, perdesprés ade solament passar per quatre judicis en la cort suprema de la galàxia,. però unUn parell d'anys desprésmés vantard eixirixen en llibertat i Gunray recuperàrecupera el seu títol de Virrei.
Deu anys després, la Federació, aliada amb el [[Gremi de Comerç]], la [[Unió Tecno]] i altres corporacions van ressorgirressorgeix com la [[Confederació de Sistemes Independents]] i van lluitarlluita en les [[Guerres Clon]] amb poques victòries. La Federació de Comerç era l'ens més poderós associat als separatistes, la columna vertebral del moviment. Una vegada acabades les Guerres Clon, i els líders separatistes assassinats, la Federació de Comerç i altres empreses es vavan reduir a petites corporacions, que van ser aixafades ràpidament pelper el puny de ferro de l'[[Imperi Galàctic (La guerra de les galàxies)|Imperi Galàctic]].
