Viquipèdia

K-mer: diferència entre les revisions

Exploració interactiva de l'historial
← Edició anteriorEdició següent →
Contingut suprimit Contingut afegit
VisualWikitext
m Referències|2 -> Referències
m bot: - el número de + el nombre de
Línia 21:
==== k-mers de mides majors ====
* Amb k-mers de mides majors s'augmentarà la quantitat d'arestes en el graf, que implicarà un augment de la quantitat de memòria necessària per emmagatzemar la seqüència d'ADN.
* En augmentar la mida del k-mers, el númeronombre de vèrtexs també disminuirà. Això ajudarà la construcció del genoma perquè hi hi haurà menys camins per recórrer en el graf.<ref>{{Ref-publicació|cognom=Zerbino|nom=Daniel R.|cognom2=Birney|nom2=Ewan|article=Velvet: Algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs|publicació=Genome Research|llengua=en|url=http://genome.cshlp.org/content/18/5/821|volum=18|exemplar=5|data=2008-05-01|pàgines=821–829|doi=10.1101/gr.074492.107|issn=1088-9051|pmid=18349386}}</ref>
* Els k-mers de mides majors corren risc el risc de no tenir vèrtexs de fora de cada k-mer. Això és perquè els k-mers majors augmenten el risc que no se solapin amb un altre k-mer per <math>k-1</math>. Això pot portar a desunions en les lectures, i a un major nombre de [[Còntig|contigs]] menors.
 
Obtingut de «https://ca.wikipedia.org/wiki/K-mer»