L'església de Sant Miquel se situa al centre del recinte, entre les altres dues esglésies. Durant els segles VIII-X l'església sembla dedicada a un ús diferent al del culte, però les pintures inferiors de l'absis potser corresponen a una restauració del segle X-XI, i denotarien un ressorgiment de la tradició clàssica. [[Puig i Cadafalch]], responsable de les primeres excavacions arqueològiques a l'inici del [[{{segle|XX]]|s}}, va pensar que l'edifici era un [[baptisteri]]. En l'actualitat, es creu que la funció de l'edifici era la de venerar l'enterrament d'un [[màrtir|sant màrtir]], encara no descobert,<ref name="romànic obert">{{ref-web|url=http://www.romanicobert.cat/web/guest/fitxa/-/fr/esglesies_sant_pere_terrassa?p_r_p_564233524_buscadorSearchHistorialId=5&_rom_fi_WAR_patmapaportlet_posicion=0|consulta=7 setembre 2015|títol=Esglésies de Sant Pere de Terrassa|obra=Romànic Obert|editor=Generalitat de Catalunya. Departament de Cultura}}</ref> i exercir d'edifici funerari, com ho demostren les restes de diverses tombes integrades com un element destacat en el seu interior i l'existència d'una cripta subterrània amb un enterrament. És l'edifici que menys canvis ha experimentat des de l'època de la seu episcopal d'Ègara. Conserva encara molts elements originals, i la seva estructura és essencialment la mateixa.{{sfn|DDAA|any=2009|p=94}} Comptava amb una galeria exterior, probablement tancada amb columnes, excepte a la zona est, on es troba l'absis del segle VI.
