Les falgueres, tradicionalment, han sigut agrupades en la classe de les ''Filices'', però les classificacions modernes els han assignades la seva pròpia divisió en el regne vegetal, anomenat ''Pteridophyta''.
Dos grups de plantes relacionades, usualment anomenades ''falgueres'', estan una mica diferenciats del grup principal: cullesles falgueres escombra (''[[Psilophyta]]''), ''[[Botrychium]]'' i ''[[Ophioglossophyta]]''. Les ofioglossofites van ser antigament considerades com falgueres de debò i agrupades en la família ''[[Ophioglossaceae]]'', però posteriorment es va descobrir que es trobaven més distanciades d'aquest parentiu. Alguns sistemes de classificació inclouen aquests dos grups en la divisió ''Pteridophyta'', mentre que d'altres els assignen divisions separades. La filogènia moderna assenyala que aquests, juntament amb les falgueres de debò, constitueixen un grup [[monofilètic]], descendent d'un predecessor comú.
