Interactòmica: diferència entre les revisions
Contingut suprimit Contingut afegit
desambiguo |
m neteja i estandardització de codi |
||
Línia 2:
==Mètodes per completar l'interactoma==
Els mètodes experimentals que s'han dissenyat per a estudiar l'interactoma són 1) [[afinitat per purificació]], serveix per identificar complexos de proteïnes i 2) doble híbrids de llevat (yeast two hybrid ([[Y2H]]), s'utilitza per identificar massivament interacciones entre proteïnes.
▲Els mètodes experimentals que s'han dissenyat per a estudiar l'interactoma són 1) [[afinitat per purificació]], serveix per identificar complexos de proteïnes i 2) doble híbrids de llevat (yeast two hybrid ([[Y2H]]), s'utilitza per identificar massivament interacciones entre proteïnes.
Existeix un gran esforç per a escriure un mapa de l'interactoma d'éssers [[eucariotes]]. S'han creat des del [[2006]] [[Llevat]], [[Mosca (nom comú)|mosca]], [[nematode|nematodes]] i [[humà]].
==Bases de dades d'interactomes==
* [http://bioinfow.dep.usal.es/apid/ APID - Agile Protein Interaction DataAnalyzer] APID és una eina bioinformàtica que integra i unifica les interaccions proteïna-proteïna més conegudes.
*Database of interacting protein (DIP) (Xenarios ''et al.'' 2000)
*GRID database
*MIPS database
* [http://psimap.com PSIMAP] database: La primera base dades d'un interactoma de proteïnes amb informació estructural.
* [http://interactome3d.irbbarcelona.org Interactome3D]: Servei web per a anotar estructuralment els interactomes.
* [http://interpare.net InterPare] database: una base de dades d'un interfaseoma de proterïnes.
*Biomolecular Interaction Network Database (BIND) (Bader et al, 2003)
*Online Predicted Human Interaction Database (OPHID) (Brown and Jurisica, 2005)
*Human Protein Reference Database (HPRD) (Peri, S. et al, 2003)
* [http://www.himap.org/ Himap(Human Interactome Map)]
*HPID
*MINT
*PINdb
* [http://www.ebi.ac.uk/intact IntAct - The Molecular Interaction Database]
== Vegeu també ==
* [[Intensity fading MALDI-TOF mass spectrometry]]
== Enllaços externs ==
* [http://psimap.com/ PSIbase Database. A global interactome DB based on PSIMAP]
* [http://interactome.org Interactome.org]. A dedicated interactome web site.
== Referències ==
Linha 35 ⟶ 34:
*Brown KR, Jurisica I. (2005) Online Predicted Human Interaction Database. Bioinformatics, 21(9): 2076-82.
*Xenarios I, Rice DW, Salwinski L, Baron MK, Marcotte EM, Eisenberg D. (2000) DIP: the database of interacting proteins. Nucleic Acids Res. 28: 289-91.
*Peri S., Navarro JD, Amanchy R, Kristiansen TZ, Jonnalagadda CK, ''et al.'' (2003) Development of human protein reference database as an initial platform for approaching systems biology in humans. Genome Res 13:2363-71.
* Park J, Lappe M, Teichmann SA. (2001) Mapping protein family interactions: intramolecular and intermolecular protein family interaction repertoires in the PDB and yeast. J Mol Biol. 2001 Mar 30;307(3):929-38.
| |||