Abans de la conquesta espanyola, els shuar convivien a l'Oest d'Equador amb l'Imperi Inca, el qual havia conquerit tots els grups equatorians de la Serra. L'emperador Inca, Huayna-Cápac va dirigir un exèrcit per conquerir als shuar. La invasió, que possiblement va tenir lloc a les conques dels rius Zamora superior i Chinchipe, va rebre tanta resistència que Huayna-Cápac va haver d'escapar declarant que aquells habitants eren indignes de ser súbdits.<ref name=":2" />
La primera "penetració" occidental al territori shuar va ser l'any 1549 per una expedició espanyolacastellana conduïda per Hernando Benavente. Va entrar, segurament, pels contraforts orientals dels Andes des de les fonts del riu Upano, continuen pel sud d'aquests fins a arribar a la unió amb el riu Paute. Un cop va arribar a territori shuar, amb intencions de fundar allà una ciutat, va retirar-se perquè es va trobar amb una societat molt hostil, amb habitatges molt separades les unes amb les altres i un ambient molt desagradable per establir una colonia. Però, el Virrei del Perú va enviar una nova expedició de colons i soldats al territori shuar. Aquests nouvinguts van crear tractats de pau amb els shuar i van començar a explotar jaciments molt rics d'or als rius Paute, Zamora i Upano. En tenir tant d'èxit amb aquestes explotacions, el 1552, van decidir fundar dues comunitats principals, descrites com a "ciutats": Logroño (possiblement a la unió del riu Paute amb el riu Zamora) i Sevilla de Oro, probablement cap a la meitat del riu Upano.
Tot i que havien aconseguit la cooperació d'alguns shuar en les explotacions, va haver-hi d'altres que s'hi van oposar, matant a un gran nombre d'espanyols, sense arribar-los a derrotat.
