Joan va viure la major part de la seva vida a [[Constantinoble]] on el seu pare s'havia exiliat i residia probablement des del 1297, per salvar-se de la matança del seu germà [[Andrònic III Comnè]]. El 1341 el pare de Joan, [[Miquel Comè]] fou cridat per un grup persones que volien aturar la guerra civil que havia esclatat amb la mort de Basili I Comnè i la manca de suport de la seva vídua [[Irene Paleòleg de Trebisonda|Irene Paleòleg]]. Quan Miquel va arribar ja havien jurat fidelitat a un altre membre de la família imperial, [[Anna Anacoutlou]]. L'endemà, perquè no fos un destorb en el nou govern, el van empresonar i el van enviar a una altra ciutat. Anna tampoc tenia tot el suport i el [[1342]] Niketas Scholares i Gregori Meitzomates, van anar a visitar Joan i el van convèncer d'anar a Trebisonda per assolir el tron, ja que només la seva presència calmaria la situació. El setembre, amb l'ajut dels [[República de Gènova|genovesos]], una flota formada per cinc vaixells va arribar a Trebisonda. Anna i els seus partidaris es van preparar per defensar la ciutat, però una revolta popular els va deixar sense suport. La gent de Joan van prendre control de la ciutat el dia 4 d'aquell mes i el van coronar emperador. Els ''scholarioi'' van executar la major part dels seus rivals i Anna va ser estrangulada poc després de la seva deposició.{{sfn|Miller|1969|p=51}} La cerimònia de coronació de Joan III es va fer a l'església de Panagia Chrysokephalos.
