El terme municipal d'Amer, de 40,05 km², limita al sud amb els municipis de [[Sant Julià del Llor]] i [[Bonmatí]] i [[la Cellera de Ter]], a ponent amb el de [[Susqueda]], a llevant amb el municipi gironí de [[Sant Martí de Llémena]] i al nord amb els municipis de [[Sant Aniol de Finestres]] i [[Les Planes d'Hostoles|les Planes d'Hostoles]], pertanyents a la comarca de la [[Garrotxa]]. S'estén per la vall baixa del riu [[Brugent del Ter|Brugent]], que en entrar a la Selva forma la vall d'Amer, d'acusat caràcter [[Volcà|volcànic]], entre els darrers contraforts de [[les Guilleries]] (els vessants orientals del pla de [[Sant Martí Sacalm]]) i un sector molt planer obert vers la depressió gironina, fins a la desembocadura al [[Ter]], aigua avall del [[pantà del Pasteral]], les aigües del qual són en una bona part dins el municipi d'Amer i subministren l'aigua potable a la ciutat de [[Girona]]. El territori és en bona part muntanyós, especialment al nord i a ponent, cobert de boscos de [[Castanyer|castanyers]], [[Alzinar|alzinars]] i [[Pi (arbre)|pins]]. Hi abunden les fonts d'aigua mineral.[[Fitxer:Estació tren Amer.jpg|miniatura|Estació de l'antiga línia Girona-Olot]]El terme comprèn la vila i cap de municipi d'Amer, els veïnats del Colomer, la Costa de Santa Brígida, la Jonquera, Lloret Salvatge, el Mont, Palou, Sant Climent d'Amer i Sant Genís Sacosta i les urbanitzacions de Solivent i la Colònia de la Hidroelèctrica. Fins al 1983, data en què es constituïren en municipi independent, també en formaven part com a agregats els pobles de Bonmatí i Sant Julià de Llor.
La principal via de comunicació és la carretera [[C-63]] procedent de [[Lloret de Mar]] i en direcció a terres olotines, que travessa el terme de sud a nord-oest. Paral·lel a aquesta carretera corria el ferrocarril de Girona a Olot, que funcionà entre el 1895 i el 1969. Una antiga pista de muntanya que ha estat condicionada mena a [[Sant Martí Sacalm]] i diversos camins veïnals uneixen masies i agregats.
