En rebre aquesta resposta, Bonaparte va ordenar immediatament a la seva flota bombardejar La Valletta i, l'11 de juny, el general Louis Baraguey d'Hilliers va dirigir una operació amfibiaamfíbia en la qual diversos milers de soldats van desembarcar en set llocs estratègics de l'illa. Molts dels cavallers francesos van abandonar l'ordre (tot i que alguns van lluitar per ella amb validesa), i els cavallers restants no van aconseguir mantenir una resistència significativa. Aproximadament 2.000 milícies natives malteses van resistir durant 24 hores, retirant-se a La Valletta una vegada que la ciutat de Mdina va caure al general Claude-Henri Belgrand de Vaubois. Tot i que Valletta va ser prou contundent per resistir contra un llarg setge, Bonaparte va negociar una rendició amb Hompesch, que va acceptar lliurar Malta i tots els seus recursos als francesos a canvi d'establiments i pensions a França per a ell i els seus cavallers. Bonaparte va establir llavors una guarnició francesa a les illes, deixant 4.000 homes sota Vaubois mentre ell i la resta de la força expedicionària van navegar cap a l'est per Alexandria el 19 de juny.<ref name="stbenedict2">{{ref-web|cognom1=Sciberras|nom1=Sandro|títol=Maltese History - F. The French Occupation|url=http://www.stbenedictcollege.org/stlucija/files/Sandro%20Sciberras/Form%203%20Option%20Maltese%20History/Unit%20F_%20Malta%20under%20the%20French%20+%20WS%2012p.pdf|editor=St Benedict College|consulta= 23 novembre 2014|url-status=dead|arxiuurl=https://web.archive.org/web/20150503090732/http://www.stbenedictcollege.org/stlucija/files/Sandro%20Sciberras/Form%203%20Option%20Maltese%20History/Unit%20F_%20Malta%20under%20the%20French%20+%20WS%2012p.pdf|arxiudata= 3 maig 2015}}</ref>
