El [[22 d'abril]] de [[1837]] fou designat Ministre de l'Interior, i el [[15 de novembre]] de [[1838]] fou designat membre del [[Suprem Poder Consrvador]]. Fou també professor de lleis de la [[Universitat Nacional de Mèxic]], president de l'Acadèmia de Jurisprudència i rector del Col·legi d'Advocats. El [[4 de desembre]] de [[1841]] fou designar per editar el Codi Civil. El [[3 d'octubre]] de [[1843]] fou designat [[Senat de Mèxic|senador de la República]]; hi fou reelegit el [[19 de novembre]] de [[1845]]. El mateix any, també fou designat Ministre d'Afers Exteriors i Interiors.
El 1847, atès el caos governamental causat per l'[[intervenció nordNord-americana a Mèxic|ocupació nord-americana]], Peña y Peña assumí la presidència interina, a la qual tenia dret d'assumir com a president de la Suprema Cort de Justícia. La seu de la presidència era aleshores a la ciutat de [[Santiago de Querétaro]]. Ocupà aquesta posició del 26 de setembre al 13 de novembre de 1847. Després, fou designat president del [[8 de gener]] al [[3 de juny]] de 1848. Durant aquest mandat, se signà el [[Tractat de Guadalupe-Hidalgo]], que donà fi a la [[Guerra Estats Units - Mèxic]]. Mèxic reconeixia la independència de Texas, renunciava a les regions disputades d'aquell estat i a més era obligat a cedir els territoris de l'[[Alta Califòrnia]] i [[Santa Fe de Nou Mèxic]], per una compensació de 15 milions de [[peso mexicà|pesos]]. El Tractat s'enfrontà a una forta oposició al [[Congrés de la Unió|Congrés]], reunit a Querétaro, però considerant l'estat del país i la incapacitat de continuar la guerra, el Congrés el ratificà el [[13 de maig]] de [[1848]]. Amb la conclusió del Tractat, Peña y Peña renuncià a la presidència i retornà a la seva posició a la Suprema Cort de Justícia. El Congrés designà [[José Joaquín de Herrera]] com a successor.
