Simulació molecular: diferència entre les revisions

 

La [[Mecànica Molecular]] és sinònim de modelat molecular, ja que fa referència a l'ús de la [[mecànica clàssica]]/[[mecànica Newtoniana]] per tal de descriure els principis físics dels models. Els models moleculars descriuen normalment àtoms ([[nucli]] i electrons conjuntament) com a [[càrrega|càrregues]] puntuals amb una [[massa]] associada. Les interaccions entre àtoms veïns són descrites mitjançant interaccions de tipus molla (les quals representen els [[enllaç|enllaços]] químics) i les [[força de van der Waals|forces de van der Waals]]. El [[potencial de Lennard-Jones]] s'empra freqüentment per a descriure les [[força de van der Waals|forces de van der Waals]]. Les interaccions electrostàtiques es calculen segons les lleis de [[Coulomb]]. S'assignen coordenades als àtoms ja sigui en l'[[espai cartesià]] o en coordenades internes, i simulacions dinàmiques poden també assignar-les-hi les velocitats. Les velocitats atòmiques estan relacionades amb la temperatura del sistema, una mesura macroscòpica. L'expressió matemàtica col·lectiva és coneguda com a [[funció potencial]] i està relacionada amb l'[[energia interna]] del sistema (U), una mesura termodinàmica equivalent a la suma de les energies [[cinètica]] i [[potencial]]. Methods which minimize the potential energy are known as energy minimization techniques (e.g., [[steepest descent]] and [[conjugate gradient]]), while methods that mànica odel the behaviour of the system with propagation of time are known as [[molecular dynamics]].