[[fitxer:Gonzalo_Pizarro_sailing_in_Peru.JPG|thumb|left|200px|Gonzalo Pizarro navegant pel Perú. Litografia de 1554]]
El [[1541]], Gonzalo és declarat governador de [[Quito]]. Per ordre de [[Francisco Pizarro]], ha de dur una expedició a l'est de Quito amb [[Francisco de Orellana]] amb l'objectiu de trobar canellacanyella. Per això, Gonzalo pot reclutar fins a 220 espanyols i 4 000 indígenes de Quito. El sots-comandant, Orellana, és enviat a [[Guayaquil]] amb l'objectiu de reclutar més tropes i d'obtenir més cavalls. Gonzalo Pizarro i els seus homes abandonen Quito el febrer de 1541, un mes abans que Orellana torni amb 23 homes suplementaris i diversos cavalls. Es troben el març a la vall de Zumaco i comencen la seva marxa a través de la [[Serralada dels Andes]]. Després d'haver seguit els rius Coca i [[riu Napo|Napo]], troben que els falten provisions. Aproximadament 140 espanyols sobre els 220 i {{formatnum:3000}} indígenes sobre els {{formatnum:4000}} havien mort. El febrer de 1542, prenen una decisió. Orellana va, amb 50 homes, navegant cap al sud del riu Napo a la recerca d'aliments. Adonant-se que la seva expedició és un fracàs, Gonzalo decideix prendre la carretera del nord per arribar a Quito amb els 80 homes restants, deixant així l'èxit a Orellana que acaba descobrint i explorant el [[riu Amazones]].
