En [[1516]] quan [[Carles I]] es fa càrrec de la corona, continua existint aquesta junta i ja en 1524 passa a anomenar-se definitivament Consell d'Índies. El seu primer president va ser fra Juan García de Loaysa, qui es convertiria després en [[Arquebisbe]] de [[Sevilla]].
LesLa reformesimposició borbòniquesde l'absolutisme borbònic amb els [[decrets de Nova Planta]] de [[1714]],ambi la creacióintroducció delsde ministresles [[secretaries de despatx]], lleven les atribucions administratives i legals del Consell. En [[1717]] el Rei [[Felip V]] crea una ''Secretaria de Marina i Índies'', pel que el Consell va decaient fins que va ser suprimit en [[1812]], després novament posat en funcionament en [[1814]], quan recupera la corona espanyola [[Ferran VII]] i definitivament abolit, com organisme assessor, en [[1834]].
