Però quan prendria més notorietat en aquest paper fou durant la [[guerra civil espanyola]]. Després del fracàs del [[cop d'estat del 18 de juliol]] de [[1936]] a [[Barcelona]] hi foren confinats els generals [[Manuel Goded Llopis]] i [[Álvaro Fernández Burriel]] abans del seu judici i posterior condemna a mort.
L' ''Uruguay'' passà a dependre del [[Servei d'InvestigacióInformació Militar]] (SIM), organisme d'intel·ligència creat per la República que va disposar de gran autonomia i fou majorment controla per "comunistes espanyols fidels a les directives de la [[URSS]] e[[stalin]]ista". Això va provocar que a les cel·les del vaixell-presó coincidissin falangistes i franquistes amb dissidents ideològics, enemics potencials o reals de Stalin.<ref><ref>{{Ref-llibre |cognom=Solé i Sabaté |nom=Josep Maria |enllaçautor= |coautors=Giovanni C. Cattini; Juli Cuéllar; Francesc Poblet; José Manuel Rúa; Queralt Solé; David Tormo |títol=La Guerra Civil a Catalunya. (1936-1939) 2. Una revolució en plena guerra |url= |editorial=[[Edicions 62]] |lloc=Barcelona |data=2004 |pàgines=22 |isbn=84-297-5415-6}}</ref> Les condicions de vida dels presos eren lamentables, amuntegats a les cabines, amb brutícia i rates, menjar escàs i tractament brutal. Sovint alguns dels tancats eren trets per a ser executats sense judici als fossats de Santa Helena del [[Castell de Montjuïc]]. El director del vaixell-presó era un individu sinistre anomenat Monroy, tinent d'assalt. Entre els presos que passaren pel vaixell hi hagué [[Rafael Ulled i Altemir]] o el falangista [[Rafael Sánchez Mazas]].
Durant el bombardeig del [[port de Barcelona]] del [[16 de gener]] de [[1939]] van ser enfonsats un total de 25 vaixells, entre ells l'Uruguay. Els presoners que encara hi quedaven van tenir sort diversa: uns foren alliberats, d'altres foren afusellats. El vaixell romandre avariat i enfonsat al port fins que fou reflotat el juliol de 1939, però ja no va tornar a navegar. El 1942 fou desballestat i venut com a ferralla.
