És important mencionar que un mateix gen pot produir diferents [[proteïnes]] gràcies al que es coneix com [['''empalmament alternatiu''']], una sofisticació del fenomen d'empalmament. Mitjançant aquest procés, alguns [[exó|exons]] poden també ser eliminats juntament amb els [[intró|introns]] que els flanquejen i d'aquesta manera es poden obtenir diferents seqüències d'mRNA madurs que en traduir-se originaran diferents proteïnes.<ref>{{cite journal |author=Leff SE, Rosenfeld MG, Evans RM.|title=Complex transcriptional units: diversity in gene expression by alternative RNA processing.|journal=Annu. Rev. Biochem. |volume=55 |issue= |pages=1091-1117 |year=1986 |PMID=3017190}} [http://arjournals.annualreviews.org/doi/abs/10.1146/annurev.bi.55.070186.005303?url_ver=Z39.88-2003&rfr_id=ori:rid:crossref.org&rfr_dat=cr_pub%3dncbi.nlm.nih.gov]</ref> Cal remarcar que l'empalmament alternatiu, no és de cap manera un procés aleatori. Es tracta d'un refinament [[evolució|evolutiu]] regulat per tal de produir diferents proteïnes funcionals a partir d'un mateix gen. Les seqüències intròniques regulen sovint aquest empalmament alterantiu.
