El municipi de Sønderborg és un municipidanès que va ser creat l'1 de gener del 2007 com a part de la Reforma Municipal Danesa, integrant els antics municipis d'Augustenborg, Broager, Gråsten, Nordborg, Sundeved, Sydals i Sønderborg. El municipi és situat al sud de la península de Jutlàndia, a la Regió de Syddanmark, abastant una superfície de 496 km² que en gran part corresponen a l'illa d'Als (Alsen en alemany) separada del continent per l'estret d'Als (Als Sund en danès, Alsensund en alemany). Fa frontera amb l'estatalemany de Slesvig-Holstein amb el qual comparteix part del fiord de Flensborg (Flensburger Förde, en alemany).
La ciutat més important i seu administrativa del municipi és Sønderborg (27.179 habitants el 2009), situada a cavall entre l'illa d'Als i el continent. Altres poblacions del municipi són: