Després de la desaparició simbòlica del club, la Unió va refundar-se el 2007 amb una nova entitat legal. Aquest canvi va obligar el club a començar des de la categoria més baixa del futbol català. La nova UE Figueres fou inscrita al grup 29 de la Tercera Territorial Catalana l'agost del 2007.[1]
La primera temporada de la nova etapa, a Tercera Regional (actualment Quarta Catalana), amb Marcel·lí Coto d'entrenador, es tancà amb un primer gran èxit: la Unió va aconseguir l'ascens a Segona Territorial (actualment Tercera catalana) invicte, en assolir 33 victòries, 1 empat i cap derrota, per a un total de 100 punts sobre 102 possibles; i un balanç de 194 gols a favor i 22 en contra.[2][3]
16 de setembre: el Figueres debuta a Tercera Regional al Municipal de Vilatenim, amb una assistència de 600 espectadors, en una victòria plàcida per 3 a 0 davant de la UE Porqueres B.
2008
27 d'abril: el Figueres es proclama campió del grup 29 de Tercera Regional i aconsegueix l'ascens matemàtic a Segona Regional a 4 jornades pel final de lliga, després de guanyar a Vilatenim el Mariscal d'Ullà CF per 9 a 0.[2]