Obre el menú principal

El projecte 'The All-Species Living Tree' Project és una col·laboració entre diversos grups/instituts acadèmics, com ARB, SILVA i LPSN, amb la finalitat de realitzar una base de dades de seqüències d'ARNr 16S de totes les espècies conegudes d'eubacteris i arqueobacteris.[1] Inicialment també es recol·lectaven les seqüències 23S,[2] però es va deixar de fer. Actualment hi ha més d'11.000 espècies alineades i diverses més estan sent afegides així que noves espècies van sent descobertes, cultivades i seqüenciades.

ArbreModifica

L'arbre va ser creat per ML sense bootstrap: conseqüentment la interrelació entre diversos fílums no està realment clara (com és el cas dels firmicuts). Els eucariotes no estan representats en l'anàlisi.

Domain Archaea

Crenarchaeota (Thermoprotei)


 Euryarchaeota

Methanopyrus



Eurythermea

Thermoplasmatales



Thermococcaceae



Neobacteria


Archaeoglobaceae



Methanococcales





Methanobacteriales




Methanomicrobia



Halobacteriaceae








Domain Eubacteria

Thermotogales




Thermodesulfobiaceae (Firmicutes)




Synergistaceae {Clostridiale Família XV Incertae Sedis} (Firmicutes)





Dictyoglomus



Thermoanaerobacterales subclade I (Firmicutes)





Thermoanaerobacteraceae (Firmicutes)






Aquificales



Thermodesulfobacteriaceae





Caldicellulosiruptor (Firmicutes)




Elusimicrobium



Caldisericum







Thermoanaerobacterales subclade II (Firmicutes)




Firmicutes (subclade)

Clostridia (polifilètic)




Fusobacteriales



Bacilli






Halanaerobiales (Firmicutes)




Vampirovibrio (Deltaproteobacteria)


Cyanobacteria

Gloeobacter




Synechococcales




Nostocales [Hormogoneae]



Oscillatoriophyceae [Chroobacteria]










Thermaerobacter (Firmicutes)





Actinobacteria


Chloroflexi


Dehalococcoidetes




Caldilinea



Anaerolineaceae






Ktedonobacteria




Thermomicrobia



Chloroflexi








 Planctobacteria

'Candidatus Poribacter'



Planctomycetes

Phycisphaera mikrensis



Planctomycetales





Chlamydiales




Lentisphaerae


Verrucomicrobia

Opitutae




Chthoniobacteraceae



Verrucomicrobiales








 Sphingobacteria


Gemmatimonas



Fibrobacter





Caldithrix



Chlorobi

Ignavibacterium album



Chlorobiaceae



Bacteroidetes

Rhodothermaceae [Salinibacteria]



Bacteroidia









Deinococci






Syntrophorhabdus (Deltaproteobacteria)



Nitrospiraceae



 Thiobacteria

Epsilonproteobacteria



Deltaproteobacteria








Chrysiogenaceae



Deferribacteraceae





Spirochaetales


Acidobacteria

Holophagae




Bryobacter aggregatus



Acidobacteriaceae








Zetaproteobacteria (clade: Mariprofundus ferrooxydans)


 Rhodobacteria

Alphaproteobacteria


 Chromatibacteria

Gammaproteobacteria (parafilètic)



Betaproteobacteria



















ReferènciesModifica

  1. Yarza, P.; Richter, M.; Peplies, J. R.; Euzeby, J.; Amann, R. «The All-Species Living Tree project: A 16S rRNA-based phylogenetic tree of all sequenced type strains». Systematic and Applied Microbiology, 31, 4, 2008, pàg. 241–250. DOI: 10.1016/j.syapm.2008.07.001. PMID: 18692976.
  2. Yarza, Pablo; Ludwig, Wolfgang; Euzéby, Jean; Amann, Rudolf; Schleifer, Karl-Heinz «Update of the All-Species Living Tree Project based on 16S and 23S rRNA sequence analyses». Systematic and Applied Microbiology, 33, 6, 2010, pàg. 291–299. DOI: 10.1016/j.syapm.2010.08.001. PMID: 20817437.

Enllaços externsModifica