El primer CD Mosconia es va fundar el 1945 i es va dissoldre el 1958. L'equip actual es va fundar l'any 1961 amb el nom de Grado Club de Fútbol, utilitzat fins al 1970 quan el club va canviar la seva denominació per la que s'utilitza actualment.
L'any 1991, el Mosconia va aconseguir el seu major èxit ascendint a Segona Divisió B després de vèncer el Reial Madrid C, el Bergantiños FC i l'Atlético Burgalés en els play-offs d'ascens. Només va romandre una temporada a la tercera categoria.
El 2011 el club va baixar a Primera Regional, sisena categoria, el seu pitjor resultat de la història. Després d'un greu problema econòmic, la penya va ajudar el club a evitar la dissolució i a tornar, anys més tard, a Tercera Divisió.