Els dinoflagel·lats a vegades exploten en concentracions de més d'un milió de cèl·lules per mil·lilitre. Certes espècies produeixen [[neurotoxina|neurotoxines]] en tals quantitats que maten als peixos i s'acumulen en els animals filtradors, tals comocom els [[crustacis]], i així els tòxics poden afectar a la gent que se'ls menja, podent arribar a ser fatals. Aquest fenomen és la [[marea roja]], del color que la floració dóna a l'aigua. Alguns dinoflagel·lats sense color poden també formar floracions tòxiques, tals com elso ''[[Pfiesteria]]''. Cal tenir en compte que no totes les floracions de dinoflagel·lats són perilloses. Els parpellejos blavencs visibles a l'aigua de l'oceà per la nit són produïts sovint per les floracions de dinoflagel·lats [[bioluminescència|bioluminescents]], que emeten ràfegues curtes de llum quan són molestats. Les floracions es produeixen quan els dinoflagel·lats poden reproduir-se ràpidament a causa dels aliments abundants a l'aigua. Això ocorre quan l'home realitza emissions de [[fosfat]]s a l'oceà. Per tant, hi ha un gran interès en la biologia dels dinoflagel·lats per motivacions econòmiques i mèdiques.
