Perduda la Guerra civil pel bàndol republicà, Sabaté va passar a [[França]] el 1939, on va ser confinat per les autoritats franceses, durant algun temps, en el Campcamp d'internament de [[Vernet]] d'Ariège i posteriorment alliberat per a treballar en una fàbrica d'explosius a [[Angulema]].
Ja lliure, es reuneix amb la seva família i l'alcalde de [[Prada de Conflent]], d'afiliació anarquista, li dóna papers en regla i atorga un crèdit amb el qual va poder instal·lar-se durant una època, amb la seva família, en la localitat nord catalana de [[Costoja (Vallespir)]] al costat de la frontera espanyola on va estudiar possibles rutes clandestines cap a l'Estat espanyol a través de les muntanyes.
Al juliol de 1944 realitzà un primer viatge a l'Estat espanyolEspanya, per a incorporar-se als grups d'acció en contra del règim de [[Francofranquista]] formant la partida de maquis de Quico Sabaté. Des del seu refugi a França compaginava treballs de lampista, llauner i agricultor amb la seva activitat antifranquista; robatoris a empresaris acabalats i entitats bancàries per a finançar activitats contra el règim, activitats de trasllat de propaganda antifranquista des de França, reorganització dels sindicats de la CNT a l'interior, sabotatges i activitats d'escamot urbà a Barcelona. Descobert el seu refugi de Costoja, vaalternà començarla aseva residir ambulantmentresidència entre Barcelona i territori francèsFrança. Es va allotjar durant un període de temps a París a casa de [[Lucio Urtubia]].
Va ser detingut i empresonat a França per tinença d'armament i explosius i confinat durant diversos anys a la població francesa de [[Dijon]]. Va aconseguir eludir el seu confinament i captura durant els següents anys i va ser descrit com "Ll'Enemic[[enemic Públicpúblic]] número u del règim franquista" en els mitjans de comunicació espanyols. El seu grup editava una publicació anomenada "''El Combat''" portaveu dels grups anarcosindicalistes que es repartia clandestinament a Catalunya en cercles obrers. En la seva última etapa d'activitat guerrillera va mantenir fortes discrepàncies amb els càrrecs de l'[[AIT]] de l'exili radicat a [[Tolosa]], al negar-se a fugir a Amèrica o col·laborar amb grups armats comunistes de l'antiga [[República Federal Socialista de Iugoslàvia|Iugoslàvia]] o [[Algèria]], sostenint que els comunistes poguessin atacar les essències àcrates. Igualment, sempre va comptar amb suports i complicitats dels seus militants a nivell individual. El grup de Quico Sabaté va col·laborar en accions conjuntes amb altres grups guerrillers llibertaris maquis com el de [[Marcel·lí Massana]] i [[Josep Lluís i Facerias|Josep Lluís Facerias]], i en altres capitals, a més de Barcelona, com Saragossa i Madrid.
