El Santuari d'Ise és el centre d'adoració de dos principals ''kami'': en ''Naikū'' es rendeix tribut a Amaterasu Ōmikami, deessa del Sol que habita en el Mirall Sagrat, considerat un tresor imperial i un {{Japonès|''goshintai''|ご神体}} (<span class="t_nihongo_kanji" lang="ja">ご神体</span>, 'goshintai'?), objecte que representa simbòlicament a una deïtat Shintō; i en ''Gekū'' se li rendeix tribut a Toyouke Ōmikami, deessa dels aliments, del comerç i de la indústria.
També dins del complex, cada santuari subordinat a ''Naikū'' i ''Gekū'' se li rendeix tribut a un kami o a un grup de ''kami.'' Les deïtats més importants a les quals se li rendeix adoració en el Santuari són [[Tsukuyomi]], germà d'Amaterasu i déu de la nit; Shinatsuhiko i Shinatobe, déus del vent i de la pluja; Izanagi i [[Izanagi]], pares d'Amaterasu, creadors del món i d'altres ''kami''; i la princesa Yamatohime-no-mikoto, fundadora llegendària del santuari. En alguns santuaris se li rendeix tribut a {{Japonès|espíritus|御魂|[[mitama]]}} (<span class="t_nihongo_kanji" lang="ja">御魂</span>, <span class="t_nihongo_romaji">''mitama?''</span>); en uns altres se li rendeix a la "personalitat vigorosa" d'un ''kami'' coneguda com aramitama (<span class="t_nihongo_kanji" lang="ja">荒御魂</span>, '<span class="t_nihongo_norom" style="display:none"><span class="t_nihongo_romaji">'''aramitama'''</span></span>'?), i es dóna el cas d'adoració davant Amaterasu Ōmikami no Aramitama, Toyouke Ōmikami no {{Japonès|''[[aramitama]]''|荒御魂}} o Tsukiyomi no Aramitama, etc.
Antigament, des de l'era Kamakura fins a començaments de l'era Edo, es professava un credo conegut com Shintō de Ise (<span class="t_nihongo_kanji" lang="ja">伊勢神道</span>, <span class="t_nihongo_romaji">''Ise-shintō?''</span>), practicat en ''Gekū'' pel clan de sacerdots Dokai. Tenia com a principal llibre sagrat, el {{Japonès|''Shintō Gōbusho''|神道五部書}} (<span class="t_nihongo_kanji" lang="ja">神道五部書</span>, 'Shintō Gōbusho'?), un escrit de l'era Nara i que estava dividit en cinc parts, que abasta des de la llegenda d'Amaterasu fins a la fundació del santuari per la princesa Yamatohime-no-mikoto.<ref>[http://web.archive.org/web/http://applepig.idv.tw/kuon/furu/text/sintou_gobusyo/gobusyo00.htm ''Shintō Gōbusho''] (en japonès antic)</ref>
