K-mer: diferència entre les revisions

* Els k-mers alleugen el problema de regions repetitives més petites. Això és perquè el k-mer contindrà un equilibri de regions repetitives i seqüències d'ADN adjuntes (donat que siguin d'una mida prou gran) que pot ajudar a resoldre la quantitat de repetició en aquella àrea particular.

 

La freqüència d'un conjunt de k-mers en el genoma d'una espècie, en una regió genòmica, o en una classe de seqüències, pot ser

utilitzat com a «signatura» de la seqüència subjacent. Comparar aquestes freqüències és computacionalment més fàcil que un [[Alineament de seqüències|alineament de seqüència]], i és un mètode important en l'anàlisi de seqüències sense alineaments. També pot utilitzar-se com a primer estadi d'anàlisi abans d'un alineament.

* Detecció de llocs de [[Recombinació genètica|recombinació]]

* Ús de la freqüència del k-mer respecte la profunditat del k-mer per calcular la mida de genoma

 

== Pseudocodi ==