S'han proposat diverses [[teoria de la conspiració|teories]] afirmant que el govern dels Estats Units deliberadament va permetre els atemptats de l'11-S, o fins i tot atribuint l'esfondrament de les torres a altres causes diferents de la col·lisió dels avions.<ref>{{ref-web |cognom=Norman |nom=Joshua |url=http://www.cbsnews.com/news/9-11-conspiracy-theories-wont-stop/ |títol=9/11 conspiracy theories won't stop |consulta=8/11/2015 |obra= |editor=CBS |data=11/9/2011 |llengua=anglès }}</ref>
Típicament els partidaris d'aquestes teories afirmen o que el govern dels EUA va saber que hi havia plans d'atacar les Torres Bessones i va decidir no impedir-los, o que els atemptats van ser una [[Operació de falsa ensenya|operació sota falsa ensenya]] i que [[Al-Qaeda]] no hi va pas participar. Els que no accepten l'explicació convencional dels atemptats generalment mantenen que el motiu del govern dels EUA (o, més específicament, de l'administració del President George W. Bush) va ser el de guanyar suport per a les invasions d'[[Guerra de l'Afganistan (2001-actualitat)|Afganistan]] i de [[Invasió de l'Iraq de 2003|l'Iraq]], o tenir excusa per a imposar limitacions de la llibertat personal i programes de vigilància sobre els ciutadans nord-americans.
Alguns han proposat que les torres no es van esfondrar pels xocs dels avions sinó per explosius col·locats per agents del govern. Defensors d'aquesta teoria d'una "[[demolició]] controlada" mantenen que la temperatura de combustió del [[querosè]] és menor que la del [[punt de fusió]] de l'acer, i per això, segons ells, hi havia d'haver alguna altra causa del col·lapse.
